因为阴茎不适或疼痛是前列腺结石与前列腺炎并存时的主要症状之一。因此要了解腰阴茎不适或疼痛实际上就要了解前列腺结石与前列腺炎的病因。
引起前列腺炎的原因有：前列腺炎的病因很多，常见菌株是大肠杆菌、变形杆菌等，除此以外有淋球菌(淋病奈瑟氏菌)、解尿素支原体、沙眼衣原体引起的前列腺炎。
引起前列腺结石的原因有：前列腺结石是在前列腺泡内形成的，其形成的原因还不十分清楚。目前，对其成因医学家有以下几种观点：
1.认为前列腺结石是围绕一个有机物核心，像滚雪球一样逐渐增大的。这种有机物核心经常是血块、细菌、坏死组织或一种叫“淀粉样体”的物质。当尿液流经尿道时，因一些原因可从前列腺管口反流到远端的前列腺管，尿中的钙盐结晶，如磷酸钙、磷酸镁、碳酸钙、碳酸镁或草酸钙等无机盐可逐层沉积于有机物核心上，逐渐增大，形成结石。
2.认为结石的形成是由于前列腺腺泡和排泄管发生了慢性炎症，使腺泡扩张，前列腺管狭窄，尿液反流后一些盐类沉积在正常前列腺腺体组织上，形成前列腺结石。
3.认为前列腺的增生使前列腺管内压力增加，腺管内分泌液郁滞，盐类成分在前列腺周围受压的皮质或外科包膜上沉积，因此形成前列腺结石。